Основой (канонический) домен, является тот который будет индексироваться поисковыми системами. То есть ссылки на ваш сайт могут быть двух типов с префиксом www и без него. Основной же домен будет тот, который вы выбрали для отображения в результатах поиска.
Иногда причиной того что сайта нету в индексе есть индексация другого названия домена. К примеру если сайт http://www.excalibur.com.ua/ не проиндексирован, проверти добавлен ли сайт http://excalibur.com.ua/ в ваш аккаунт (или наоборот).
После внесения в настройки основного домена все ссылки будут считаться идентичны относительно основного домена (в случае если обнаружится ссылка отличающаяся от основной). Если же не указывать основного домена, тогда страницы с www и без будут считаться разными.
Если сайт уже был в индексе и вы внесли изменения относительно основного домена, то они вступят в действие только после повторного индексирования страниц.
Для того чтобы настроить вид основного домена в Google достаточно в разделе вебмастер в конфигурации сайта указать требуемый параметр.
Относительно других поисковых систем рекомендовано установить 301 редирект для перенаправления пользователей и поисковых систем с не основного домена на основной. На серверах Apache достаточно внести изменения в файле .htaccess. Дополнительную информацию ищите в пособии по файлу .htaccess. При использовании другого ПО обращайтесь в службу поддержки услуг хостинга.